此期间，小南一直跟随马鹿身边，在马鹿终于布置完克组织的人事任免工作后，开始着手对长门以及弥彦的转生复活。
从小南嘴里得知，佩恩六道等人的轮回眼是外道长门赐予的，而长门的轮回眼也不是天生的，是一次偶然的机会开启的。那么由此可知，复活弥彦和长门后，他们多半是不会拥有轮回眼的。
这一问题一直困扰马鹿，所以，马鹿迟迟没有给弥彦和长门转生。
小南得知马鹿为了慎重起见俄日没有为弥彦、长门转生，所以和马鹿告假一段时间，想要回雨隐村一趟。
马鹿心想，反正长门已死，晓组织肯定是落入了“那个人”的掌控之中，想来小南回去之后也不会再重新为晓组织做事，于是就点头同意了。
小南临行前，花明涧给她几颗花籽，并告诉其用法。小南会意地接受了。
数日之内，马鹿一直在研究长门和弥彦的身体，设法保存原有实力的情况下，将他们转生。
这一日，马鹿正在自己房间思考问题，忽然那花明涧闯了进来。
“不好了，哥哥，小南姐姐有危险”
“哦怎么回事”马鹿急忙问道。
花明涧摇摇头，“刚刚，小南姐姐咬破了嘴里的花籽，一定是遇到了危急时刻。”
“好，我马上去看看。”
“哥哥，我陪你去”
“不你留在基地，随时掌握晓组织成员的动向，另外，前几天，你说佐助干掉了大蛇丸，也要留意佐助的动向。有什么事情，多多征询四代火影和三代火影的意见。另外，召集自来也回来，别再和纲手姐姐腻歪了，虽然是新婚燕尔，但度蜜月也该有个时间限制。”
“是”花明涧点点头。
马鹿放下手里的工作，立刻动身前往雨之国，寻找小南。而花明涧去做马鹿交代下来的事情。
这此中间发生了很多的事情，每一件事情都和晓组织有着密切的关系。
三年期限已过，大蛇丸准备用佐助作为容器转生，但却被佐助干掉了。佐助一把火烧了大蛇丸的田之国音隐村的基地后逃走，但和晓组织的面具男阿飞接触过几次。这件事情，马鹿一直在留意。
大蛇丸到底死没死，这事也需要马鹿安排人去探查。
另外，在大蛇丸被佐助干掉后，药师兜下落不明。对于昔日的好朋友，马鹿也需要安排人去调查。
这一切，虽然和晓组织看似关系不大，但却都在马鹿心中占有重要位置。
眼下多事之秋，小南居然也出了事情，基地里好多人都安排出去了，马鹿只有自己亲自去一趟雨之国才会放心的。毕竟他答应过长门，一定要照顾好小南的。
奔跑在雨之国的路上，好在这条路，他已经快速奔跑过两次了。按照短册街和雨隐村的直线距离，用不了几个时辰就会到的。
虽然这几个时辰中，可能会发生什么意想不到的事情，但是也没有办法，他必须尽快赶过去。
小南为什么要回雨隐村呢因为她早就反对晓组织的实际领导人的做法，只是碍于和长门的羁绊关系而已。
晓组织是由弥彦带领长门和小南共同创立的。前期的首领是弥彦，为了推翻雨之国首领山椒鱼半藏的残暴通知而设立。
山椒鱼半藏发现自己国家内有这样一支反对自己的组织，于是就开始了严厉地打击。
之前，马鹿在雨之国的牢房内和弥彦、长门、小南三人相遇，就是山椒鱼半藏抓住了他们三人，将他们投放到牢房内。
那时和山椒鱼半藏有着密切合作的志村团藏对弥彦三人使用幻术“别天神”，将他们困在牢房内。但因为团藏的写轮眼不是本身所拥有的，而是抢夺宇智波止水的写轮眼后来移植上去的，所以，并没有将最强幻术“别天神”发挥到应有的水平。靠着轮回眼逃脱幻术的长门在马鹿和花明涧的帮助下，也救出了同伴弥彦和小南。
之后，这三人便四处转奔走，以推翻山椒鱼半藏的残暴统治为行动目标。
有一次，山椒鱼半藏抓住了小南，以她为诱饵，威胁长门杀死弥彦。山椒鱼半藏考虑的是，只要干掉了晓组织的头目，这个组织也就不攻自破了。
为了保护救下小南，弥彦主动将身体撞在长门手中的苦无上，自杀了。
这一幕，一直在长门脑海中挥之不去。他发挥轮回眼的威力，直接干掉了山椒鱼半藏，夺得了雨之国的首领位置，而且成为晓组织的第二任领导人。
正文第四百九十章纸遁，纸树
因为弥彦的死，给长门很大的打击，他想要创建一个没有战争，没有痛苦的世界。但可惜的是，这个时候，晓组织被面具男阿飞盯上了，他和绝两个人说服长门要收集九只尾兽，建造尾兽兵器，只有发动战争，才能征服世界，这样才能换来世界的和平。
之后，长门在阿飞和绝的授意下，不断地接受各国叛忍，建立起严密的晓组织。外表看来首领是长门控制下的佩恩六道，实际上，晓组织的实际掌控人却是已经换成了面具男阿飞。
此次抓捕九尾、袭击木叶失败，不但长门身死，而且也迷途知返。所以，小南决定干掉早就看不顺眼的面具男阿飞。这就是她重返雨之国的目的。
其实，面具男阿飞也正在找她，因为长门战败身死，但是他的轮回眼可是有着很大威力的，这一双眼睛，正是阿飞觊觎很久的。
绝侦查到长门的尸体被马鹿收回到短册街，阿飞就一直计划着如何攻击短册街，夺回轮回眼。但是考虑到克组织成员众多，尤其是其中有几位影级实力的家伙，诸如四代火影、三代火影、自来也等，都不是轻而易举能够干掉的。
所以，马鹿返回短册街很长时间，面具男阿飞和绝都不敢打短册街的主意。
在他们的判断分析中，木叶村可以攻打，但是短册街却动不得。